El café y su “huella microbiana”: una nueva especie bacteriana revela el impacto de la bebida más popular del mundo

Redacción HC
01/10/2025

El café no solo es una de las bebidas más consumidas a nivel global, también ha sido objeto de múltiples estudios que lo vinculan con beneficios para la salud, como la reducción del riesgo de enfermedades metabólicas y una mayor longevidad. Sin embargo, hasta ahora poco se sabía sobre cómo el café influye de manera específica en el microbioma intestinal. Una investigación internacional publicada en Nature Microbiology (Manghi et al., 2024) aporta evidencia contundente de que esta infusión deja una “firma microbiana” muy particular: la abundancia de la bacteria Lawsonibacter asaccharolyticus.

Este hallazgo abre un nuevo campo de estudio sobre cómo un alimento concreto puede remodelar nuestra microbiota y, potencialmente, influir en la salud humana. A continuación, presentamos un análisis periodístico de este trabajo que combinó metagenómica, metabolómica y experimentos de laboratorio para descifrar la relación entre el café y el microbioma.

Un vínculo pendiente de confirmar

Aunque la dieta es un determinante clave de la composición de la microbiota intestinal, los investigadores no habían identificado de manera consistente cómo alimentos individuales modifican comunidades bacterianas específicas. El café, consumido por millones de personas en todo el planeta, es conocido por su efecto antioxidante y sus posibles beneficios cardiovasculares. La pregunta era clara: ¿existe una especie microbiana que responda de forma sistemática al consumo de café en diferentes poblaciones?

Para responderla, un equipo de la Universidad de Bolonia, Harvard y otras instituciones de Europa y Estados Unidos analizó datos a una escala sin precedentes, integrando información dietaria, perfiles microbianos y experimentos controlados en laboratorio.

Metodología de gran escala y precisión

El estudio recopiló 54.198 metagenomas fecales provenientes de 22 cohortes, incluyendo proyectos como ZOE PREDICT, el Mind–Body Study y el Men’s Lifestyle Validation Study. Además, incorporó 18.984 metagenomas públicos para validar los hallazgos en distintas poblaciones. De los participantes, 22.867 contaban con cuestionarios de frecuencia alimentaria detallados que permitieron clasificar el consumo de café en niveles de nunca, moderado o alto.

El análisis taxonómico se realizó mediante la herramienta MetaPhlAn 4 y se aplicaron modelos de aprendizaje automático (random forest) con validación cruzada y un enfoque “leave-one-dataset-out” para evaluar la capacidad predictiva del microbioma sobre la ingesta de café. También se integraron 438 perfiles de metabolómica plasmática y 364 metatranscriptomas fecales, y se llevaron a cabo experimentos in vitro para evaluar el crecimiento de Lawsonibacter asaccharolyticus en medios suplementados con extracto de café.

Resultados clave: la “bacteria amiga del café”

El hallazgo más sólido fue la asociación consistente entre el consumo habitual de café y la abundancia de Lawsonibacter asaccharolyticus. Los modelos de random forest predijeron el nivel de ingesta de café con un área bajo la curva (AUC) superior a 0,8 y una correlación de Spearman mayor a 0,5, lo que demuestra una señal estadística robusta.

Esta relación se confirmó en poblaciones de Estados Unidos y Reino Unido, así como en metagenomas públicos adicionales, lo que refuerza su validez externa. En el plano funcional, los consumidores de café mostraron niveles plasmáticos elevados de compuestos bioactivos característicos de la bebida, como el ácido quínico y la trigonellina. Estos metabolitos se correlacionaron con la presencia de L. asaccharolyticus, y los experimentos in vitro demostraron que la bacteria crece mejor en medios con extracto de café.

El conjunto de evidencias —estadística multicohorte, metabolómica y experimentación— apunta a una relación metabólica específica entre el café y esta bacteria intestinal.

Implicaciones para la salud y la nutrición

Aunque el estudio no prueba causalidad en humanos, sugiere que el café puede remodelar el microbioma intestinal de una manera reproducible, lo que podría mediar algunos de sus efectos beneficiosos. Para la salud pública, estos hallazgos son relevantes porque abren la puerta a futuras investigaciones que evalúen si la modulación de L. asaccharolyticus tiene un impacto directo en la prevención de enfermedades metabólicas o cardiovasculares.

Además, la identificación de esta bacteria como un potencial biomarcador dietario podría ofrecer una herramienta objetiva para complementar los cuestionarios de frecuencia alimentaria, que dependen del autoinforme y pueden ser inexactos.

En América Latina, donde el café es parte integral de la cultura y la economía, estos resultados invitan a estudios locales que analicen si las distintas formas de preparación —espresso, filtrado o con leche y azúcar— influyen en la relación entre café y microbiota.

Conclusión

Este trabajo, liderado por investigadores de la Universidad de Bolonia y Harvard, demuestra que un alimento tan cotidiano como el café deja una huella identificable en la microbiota intestinal. La especie Lawsonibacter asaccharolyticus se posiciona así como un indicador microbiano del consumo de café y un posible mediador de sus efectos en la salud.

Para los consumidores de café, la conclusión no es cambiar hábitos de inmediato, sino reconocer que cada taza de café es también un experimento biológico en marcha. Los próximos pasos de la ciencia consistirán en determinar si este vínculo puede aprovecharse para la prevención de enfermedades o para diseñar intervenciones dietarias personalizadas.

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