Inocles: el hallazgo genético que redefine la comprensión del microbioma oral humano
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Redacción HC
30/09/2025
El microbioma de la cavidad oral, compuesto por billones de microorganismos, mantiene un delicado equilibrio que influye en la salud bucal y sistémica. Sin embargo, la manera en que estos microbios se adaptan a los constantes cambios del entorno —desde la variación de nutrientes hasta la respuesta inmunitaria— ha sido un misterio en buena medida sin resolver.
Un estudio reciente publicado en Nature Communications (Kiguchi et al., 2025) revela la existencia de un sorprendente actor en esta dinámica: los “Inocles”, elementos genéticos extracromosómicos gigantes que podrían ampliar la capacidad de adaptación de las bacterias orales.
Un problema científico de larga data
Los elementos genéticos extracromosómicos (ECE), como plásmidos y replicones circulares, son piezas clave en la evolución bacteriana. A pesar de su relevancia, su diversidad y función en la cavidad oral humana se conocían de forma limitada.
Los investigadores se preguntaron si podrían existir ECE de gran tamaño que aporten genes de adaptación y si su presencia se vincula con estados de salud o enfermedad. La respuesta, como demuestra este trabajo, abre un nuevo campo de investigación con implicaciones clínicas y biotecnológicas.
Metodología innovadora: la clave para descubrir lo invisible
Para detectar estos elementos, el equipo liderado por Yuya Kiguchi, de la Universidad de Tokio, desarrolló un protocolo de extracción de ADN denominado preNuc. Este método reduce el ADN humano en las muestras de saliva y facilita la recuperación de material microbiano de alto peso molecular.
Con esta técnica, secuenciaron 46 muestras de saliva de origen japonés mediante tecnología de lecturas largas (PromethION, Oxford Nanopore), complementando el análisis con 56 muestras iniciales y 476 metagenomas salivales públicos. El ensamblaje de genomas de novo se realizó con metaFlye, permitiendo identificar contigs circulares de gran tamaño.
El resultado: elementos gigantes de entre 293 y 395 kilobases (kb), con un promedio de 313 genes, que no se alineaban con bases de datos de plásmidos ni de fagos conocidos.
Hallazgos principales: los Inocles
Los investigadores bautizaron a estos elementos como “Inocles”. Su hallazgo es notable no solo por su tamaño —similar al de algunos genomas bacterianos pequeños—, sino por su amplia presencia: se detectaron en aproximadamente 74 % de la población analizada.
En términos funcionales, los Inocles codifican genes relacionados con la tolerancia al estrés oxidativo, la reparación de ADN, la biosíntesis de la pared celular y otros procesos que fortalecen la resistencia de las bacterias frente a desafíos ambientales e inmunitarios.
Además, se observó una correlación positiva entre la presencia de Inocles y marcadores inmunológicos en sangre, lo que sugiere una posible interacción entre estos elementos genéticos y la respuesta inmune humana. De forma igualmente reveladora, los Inocles estaban marcadamente reducidos en pacientes con cáncer de cabeza y cuello y cáncer colorrectal, un hallazgo que apunta a su potencial como biomarcador de salud sistémica.
No obstante, los autores advierten que estas asociaciones son observacionales: se requiere investigación longitudinal para determinar causalidad y comprender los mecanismos subyacentes.
Implicaciones para la salud y la ciencia
El descubrimiento de los Inocles tiene tres implicaciones clave:
- Biomarcadores no invasivos: su detección en saliva podría incorporarse a pruebas diagnósticas para evaluar riesgos de enfermedades, como ciertos tipos de cáncer, previa validación clínica.
- Nuevas dianas terapéuticas: comprender los genes que confieren resiliencia a las bacterias orales podría inspirar estrategias para fortalecer o modular la microbiota, incluyendo el desarrollo de probióticos de próxima generación.
- Vigilancia de resistencia antimicrobiana: dado que algunos genes de los Inocles se asocian con la reparación de ADN y el estrés celular, podrían influir en la persistencia bacteriana frente a antibióticos, exigiendo monitoreo en contextos clínicos y de salud pública.
Para la región latinoamericana, este hallazgo abre la puerta a estudios locales: analizar la presencia de Inocles en poblaciones de la Amazonía o en áreas urbanas podría contribuir a la epidemiología del cáncer y a programas de vigilancia de la resistencia antimicrobiana.
Conclusión: una nueva frontera en la microbiología oral
Los Inocles representan un descubrimiento de gran envergadura: un “pendrive genético” que amplía las herramientas de supervivencia de las bacterias orales. Su asociación con la respuesta inmunitaria y la salud sistémica los convierte en candidatos prometedores para estudios de diagnóstico y terapias basadas en microbioma.
Los autores recomiendan ampliar las cohortes geográficas y realizar investigaciones longitudinales para confirmar su relevancia clínica y explorar su potencial como biomarcadores.
Palabras clave
microbioma oral, elementos genéticos, inocles, plásmidos gigantes, adaptación microbiana, biomarcadores de cáncer, resistencia antimicrobiana, salud oral
Meta descripción
Descubre los Inocles, elementos genéticos gigantes del microbioma oral con potencial como biomarcadores y clave en la adaptación bacteriana.
Referencia: Kiguchi, Y., Hamamoto, N., Suzuki, Y., et al. (2025). Giant extrachromosomal element “Inocle” potentially expands the adaptive capacity of the human oral microbiome. Nature Communications, 16, 7397. https://doi.org/10.1038/s41467-025-62406-5
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